En 1965 recibieron de la reina Isabel la condecoración "Members of the British Empire", que se otorgaba generalmente a militares. A fines de ese año se dedicaron a grabar su siguiente álbum, "Rubber Soul", tal vez el mejor de su carrera. Con la influencia de la marihuana canciones como "The Word", "Nowhere Man", "In my Life" maravillaron al mundo, que se pudo dar cuenta del contenido cada vez más filosófico de las canciones.
El manager del grupo, Brian Epstein, programó la segunda gira mundial del grupo, que pasaría por Francia, Italia, España, Estados Unidos. Se podría decir que esta gira fue un éxito, mas fue algo desilusionaste para el grupo pues el griterío de las fans que no se daban cuenta cuando ellos cantaban o simplemente movían los labios, sin hacer ningún ruido.
Al terminar la gira, George se casó con la modelo Patty Boyd. Ya sólo Paul se mantenía soltero.
La próxima gira fue una pesadilla, pues tenían el problema de cómo pasar grandes cantidades de drogas por las aduanas y peor aún, poco antes de llegar a Estados Unidos, John dio una entrevista.
Fue tanta la molestia que les dejó este viaje que decidieron tomar 4 meses de vacaciones. Durante ellos Paul vivió en el campo, George y su esposa viajaron a la India y Ringo se dedicó a la vida nocturna. Sólo John se sentía abandonado. "Vivir sin Los Beatles es como pisar el vacío", decía y pasaba los días refugiados en la marihuana.
Ya al volver a juntarse, la marihuana era sólo un recuerdo para ellos, ahora usaban drogas más fuertes como el LSD. Producto de ellas fueron creando canciones cada vez más excéntricas, tal como lo eran sus "vuelos" y visiones. La influencia del LSD, se hacía notar ya que todos, salvo Paul, lo consumían con frecuencia.
En busca de respuestas el grupo viajó a la India, detrás del santón Maharishi Magesh Yogui, con el que siguieron un curso de meditación que les obligaba a dejar las drogas.
Aunque este personaje no les brindó las respuestas que esperaban, fue en la India donde compusieron a lo menos 30 de sus mejores canciones. A regreso se enteraron que Brian Epstein había muerto completamente intoxicado.